El departamento de Identificación es el encargado de realizar actividades de tipo clínico y forense que coadyuvan a la identificación de cadáveres que ingresan en calidad de desconocidos, a través de estudios antropológicos, lofoscópicos, odontológicos y fotográficos, integrando con esto el expediente del caso postmortem, buscando así reintegrar la identidad e individualidad del cadáver.

El departamento de Identificación se constituye por las áreas de:

1.- Antropología (contando con una osteoteca)
2.- Dactiloscopía (contando con el Sistema de Identificación de Huellas Dactilares, AFIS)
3.- Fotografía (contando con un archivo de películas en negativo y labortario fotográfico digital)
4.- Odontología (contando con un laboratorio y consultorio dental)